Ассоциация "Центр энергетической эффективности" была основана в 18 августа 1999 г. как Карельский центр энергоэффективности (КАЦЭЭ). В ноябре 2000 года Комитетом старших должностных лиц (КСДЛ) Совета Баренцева Евро-Арктического Региона (СБЕР) КАЦЭЭ  был присвоен статус регионального центра содействия по экономическому и научно-техническому сотрудничеству в области энергетики и энергоэффективности в рамках деятельности СБЕР.

С 8 января 2004 Ассоциация была преобразована в Автономную некоммерческую организацию (АНО) с тем же названием.
В настоящее время АНО "Центр энергетической эффективности" активно участвует в международном сотрудничестве, осуществляет деятельность по организации и координации работ в области энергетики и ресурсосбережения, а также по разработке и реализации экологических, экопросветительских проектов и проектов в сфере ЖКХ. Приоритет работы Центра - это поиск и привлечение зарубежных и российских партнеров и инвестиций на территорию Республики Карелия.  

Виды деятельности Центра:
Основная цель работы - оказание услуг в области энергосберегающих и экологически чистых технологий, экопросвещения на территории Республики Карелия, включая:
- развитие малой и альтернативной энергетики, энергосберегающих и экологических технологий и оборудования;
- разработка и реализация энергосберегающих, экологических, экопросветительских проектов;
- разработка и реализация проектов, направленных на использование местных топливных ресурсов;
- содействие в подготовке кадров в области энергосбережения и экопросвещения;
- содействие в создании демонстрационных (пилотных) энергетических и экологических объектов;
- управление реализацией энергосберегающих и экологических проектов;
- консалтинг: составление бизнес-планов, технико-экономических обоснований в сфере энергосбережения и экологии;
- организация и проведение выставок, семинаров, конференций, обучающих курсов по энергосбережению и экологии;
- услуги по переводу с русского языка на иностранные языки и с иностранных языков на русский язык в рамках разрабатываемых и реализуемых энергосберегающих и экологических проектов;
- привлечение инвестиций для реализации энергосберегающих и экологических проектов (гранты и кредиты).